解决潮州和惠州军政事务后，周士相便要回到广州着手整合盘踞在肇庆、高州、廉州、雷州四府的明军。强硬也好，合作也好，这些派系复杂的明军都要统一归于太平军建制内，周士相也必须建立一条从广州经肇庆再至罗定往高州的粮草运输线。以高州为西进据点，入广西梧州，其后再决定是夺取桂林、柳州打通和昆明的联络通道，还是入贵州打清军的后路，迫使他们回撤。
惠州兵淘汰下的四千多人没有就地遣散，因为当中不少是土匪，这些人手上沾过血，又尝到过抢掠甜头，已经很难放下刀去做一个老实巴交的种地农民或是继续从前的渔民生涯。若是就这么将他们遣散，这几千人多半就会重操旧业，祸乱惠州。
故周士相命将这些人分几批发往广州，一部安置香山，一部安置在南海，余下安置在增城。
广州各县早已落实建村设乡，村村有保安小队，乡乡有保安中队，县里有保安大队，再加上驻军力量，这些被分散发往数十个村子屯田的惠州兵被严密监控，纵使他们有心做乱，面对从上而下已织成一张强力网的太平军，只怕稍有苗头就会被立即镇压。有几百老弱因为没有威险被就地遣散，周士相命惠州各县官吏将他们领回家乡安置，免得在外流浪。能动的给予一些田地自食其力，不能动的则由官府帮忙安排一些可以糊口的伙计。
大战过后人心思定，潮州要稳定，惠州也要稳定，广州那边在稳定的同时却要紧急备战。
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